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Autoren: Mier, Pablo
Andrade, Miguel
Titel: Glutamine codon usage and polyQ evolution in primates depend on the Q stretch length
Online-Publikationsdatum: 18-Mai-2018
Erscheinungsdatum: 2018
Sprache des Dokuments: Englisch
Zusammenfassung/Abstract: Amino acid usage in a proteome depends mostly on its taxonomy, as it does the codon usage in transcriptomes. Here, we explore the level of variation in the codon usage of a specific amino acid, glutamine, in relation to the number of consecutive glutamine residues. We show that CAG triplets are consistently more abundant in short glutamine homorepeats (polyQ, four to eight residues) than in shorter glutamine stretches (one to three residues), leading to the evolutionary growth of the repeat region in a CAG-dependent manner. The length of orthologous polyQ regions is mostly stable in primates, particularly the short ones. Interestingly, given a short polyQ the CAG usage is higher in unstable-in-length orthologous polyQ regions. This indicates that CAG triplets produce the necessary instability for a glutamine stretch to grow. Proteins related to polyQ-associated diseases behave in a more extreme way, with longer glutamine stretches in human and evolutionarily closer nonhuman primates, and an overall higher CAG usage. In the light of our results, we suggest an evolutionary model to explain the glutamine codon usage in polyQ regions.
DDC-Sachgruppe: 570 Biowissenschaften
570 Life sciences
Veröffentlichende Institution: Johannes Gutenberg-Universität Mainz
Organisationseinheit: FB 10 Biologie
Veröffentlichungsort: Mainz
ROR: https://ror.org/023b0x485
DOI: http://doi.org/10.25358/openscience-378
Version: Published version
Publikationstyp: Zeitschriftenaufsatz
Nutzungsrechte: CC BY
Informationen zu den Nutzungsrechten: https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/
Zeitschrift: Genome biology and evolution
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3
Seitenzahl oder Artikelnummer: 816
825
Verlag: Oxford Univ. Press
Verlagsort: Oxford
Erscheinungsdatum: 2018
ISSN: 1759-6653
URL der Originalveröffentlichung: http://dx.doi.org/10.1093/gbe/evy046
DOI der Originalveröffentlichung: 10.1093/gbe/evy046
Anmerkung: Andrade, Miguel veröffentlicht unter: Andrade-Navarro, Miguel A.
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