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http://doi.org/10.25358/openscience-1350Full metadata record
| DC Field | Value | Language |
|---|---|---|
| dc.contributor.author | Hoffmann, Inka | |
| dc.date.accessioned | 2017-10-20T07:36:29Z | |
| dc.date.available | 2017-10-20T09:36:29Z | |
| dc.date.issued | 2017 | |
| dc.identifier.uri | https://openscience.ub.uni-mainz.de/handle/20.500.12030/1352 | - |
| dc.description.abstract | T-Box (Tbx) Transkriptionsfaktoren spielen eine große entwicklungsbiologische Rolle in vielen Metazoen. Eine hoch konservierte Domäne, die sogenannte T-Domäne oder T-Box, dient der Bindung an die DNA. Die genomischen Bindestellen werden als T-box Bindeelemente (TBEs) bezeichnet. Die Kenntnis Tbx-regulierter Gene wird zu einem besseren Verständnis der Entwicklungsprozesse beitragen, in denen Tbx-Proteine involviert sind. Im Rahmen dieser Arbeit sollten Zielgene von Tbx-Proteinen in der Fruchtfliege Drosophila melanogaster identifiziert und verifiziert werden. Insgesamt sind in Drosophila acht Tbx-Proteine bekannt. Der Schwerpunkt wurde auf die Suche nach Zielgenen des Tbx-Transkriptionsfaktors Optomotor-blind (Omb) in der larvalen Flügelentwicklung gelegt. Ausgangspunkt für meine Arbeit war ein ChIP-on-chip Experiment mit Chromatin aus Flügel- und Augenimaginalscheiben wildtyischer L3-Larven (w1118). Durch diese Methode sollten Omb-Bindestellen im Genom identifiziert und Übereinstimmungen mit bioinformatisch bestimmten TBEs ermittelt werden. Insgesamt wurden bei einer FDR1 (false discovery rate von 1%) für die Augendaten 3959 potentielle Bindestellen festgestellt, für die Flügeldaten 3750. Leider konnten aber keine direkten Übereinstimmungen der TBEs mit den ermittelten ChIP-Bindestellen festgestellt werden. Mittels qPCR wurden insgesamt 70 potentielle Zielgene hinsichtlich ihrer Expression in l(1)omb3198-mutanten Flügelscheiben im Vergleich zum Wildtyp untersucht. Dabei zeigten einige Gene eine Abhängigkeit von Omb. Da auch die direkte Regulation von potentiellen Omb-Zielgenen über TBEs untersucht werden sollte, wurden 32 Enhancer-Reporter-Konstrukte hergestellt. Die Analyse der Enhancer-Aktivität erfolgte in der Regel über eine X-Gal Färbung an wildtypischen und omb-mutanten L3-Larven. Enhancer-Reporter Konstrukte von ap und fz3 wurden durch Omb reprimiert, ein al-lacZ Konstrukt stand unter positiver Omb Kontrolle. Um die Notwendigkeit der Bindestellen und eine direkte Regulation nachzuweisen wurden für ap und al einzelne TBEs mutiert. In beiden Fällen schien der Verlust der TBE keinen Einfluss auf die Expression des Konstrukts zu haben, was auf eine indirekte Regulation durch Omb schließen lässt. Möglicherweise wirkt Omb, ähnlich wie das humane Ortholog Tbx2, aber auch als transkriptioneller Co-Faktor. | de_DE |
| dc.description.abstract | T-box transcription factors play a role in different developmental processes in metazoens. A highly conserved domain, the T-domain or T-box, mediates binding to the DNA. The genomic binding sites are called T-box binding elemtents (TBEs). The knowledge of Tbx-regulated genes will contribute to a better understanding of processes, in which Tbx-proteins are involved. The aim of my doctoral thesis was to identify and verify target genes of Tbx-proteins in the fruit fly Drosophila melanogaster. Eight Tbx-proteins are known in Drosophila. The main focus was the search for target genes of Optomotor-blind (Omb) which take part in the development of the larval wing. Initially, I performed a ChIP-on-chip experiment based on chromatin from wing and eye imaginal discs of wildtypic L3-larvae (w1118). This method was used to identify Omb binding sites throughout the genome and to determine overlap of bioinformatically predicted TBEs with these binding sites. Altogether 3959 potential binding sites were found in the eye data with a FDR1 (false discovery rate of 1%) and 3750 in the wing data. Unfortunately, there was no actual overlap between the ChIP sites and the predicted TBEs. Using qPCR, I analysed 70 genes with regard to their expression in omb3198-mutant wing discs compared to wildtype. Some genes showed a dependence on Omb. Since the direct regulation of potential Omb target genes via TBEs was of special interest, I generated 32 enhancer-reporter constructs. The analysis of enhancer activity was performed by X-Gal stainings of wildtypic and omb-mutant L3-larvae. Enhancer-reporter constructs of ap and fz3 were repressed by Omb, whereas an al-lacZ contruct was positively controlled. To demonstrate the necessity of the binding sites and a direct regulation, I performed a site-directed mutagenesis of single TBEs in ap and al enhancer reporter constructs. In both cases, elimination of TBEs had no influence on the expression of the construct, indicating indirect regulation by Omb. Possibly, Omb, like its human ortholog TBX2, is also able to control gene expression as a transcriptional co-factor. | en_GB |
| dc.language.iso | ger | |
| dc.rights | InCopyright | de_DE |
| dc.rights.uri | https://rightsstatements.org/vocab/InC/1.0/ | |
| dc.subject.ddc | 570 Biowissenschaften | de_DE |
| dc.subject.ddc | 570 Life sciences | en_GB |
| dc.title | Identifizierung und Verifizierung von Tbx-Zielgenen in Drosophila melanogaster | de_DE |
| dc.type | Dissertation | de_DE |
| dc.identifier.urn | urn:nbn:de:hebis:77-diss-1000016117 | |
| dc.identifier.doi | http://doi.org/10.25358/openscience-1350 | - |
| jgu.type.dinitype | doctoralThesis | |
| jgu.type.version | Original work | en_GB |
| jgu.type.resource | Text | |
| jgu.description.extent | 174 Seiten | |
| jgu.organisation.department | FB 10 Biologie | - |
| jgu.organisation.year | 2017 | |
| jgu.organisation.number | 7970 | - |
| jgu.organisation.name | Johannes Gutenberg-Universität Mainz | - |
| jgu.rights.accessrights | openAccess | - |
| jgu.organisation.place | Mainz | - |
| jgu.subject.ddccode | 570 | |
| opus.date.accessioned | 2017-10-20T07:36:29Z | |
| opus.date.modified | 2017-10-23T09:06:21Z | |
| opus.date.available | 2017-10-20T09:36:29 | |
| opus.subject.dfgcode | 00-000 | |
| opus.organisation.string | FB 10: Biologie: Institut für Genetik | de_DE |
| opus.identifier.opusid | 100001611 | |
| opus.institute.number | 1005 | |
| opus.metadataonly | false | |
| opus.type.contenttype | Dissertation | de_DE |
| opus.type.contenttype | Dissertation | en_GB |
| jgu.organisation.ror | https://ror.org/023b0x485 | |
| Appears in collections: | JGU-Publikationen | |
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 | 100001611.pdf | 10.68 MB | Adobe PDF | View/Open |