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http://doi.org/10.25358/openscience-10163
Autoren: | Hammerschmidt, Stefan J. Huber, Simon Braun, Niklas J. Lander, Marc Steinmetzer, Torsten Kersten, Christian |
Titel: | Thermodynamic characterization of a macrocyclic Zika virus NS2B/NS3 protease inhibitor and its acyclic analogs |
Online-Publikationsdatum: | 7-Mär-2024 |
Erscheinungsdatum: | 2022 |
Sprache des Dokuments: | Englisch |
Zusammenfassung/Abstract: | Cyclization of small molecules is a widely applied strategy in drug design for ligand optimization to improve affinity, as it eliminates the putative need for structural preorganization of the ligand before binding, or to improve pharmacokinetic properties. In this work, we provide a deeper insight into the binding thermodynamics of a macrocyclic Zika virus NS2B/NS3 protease inhibitor and its linear analogs. Characterization of the thermodynamic binding profiles by isothermal titration calorimetry experiments revealed an unfavorable entropy of the macrocycle compared to the open linear reference ligands. Molecular dynamic simulations and X-ray crystal structure analysis indicated only minor benefits from macrocyclization to fixate a favorable conformation, while linear ligands retained some flexibility even in the protein-bound complex structure, possibly explaining the initially surprising effect of a higher entropic penalty for the macrocyclic ligand. |
DDC-Sachgruppe: | 540 Chemie 540 Chemistry and allied sciences |
Veröffentlichende Institution: | Johannes Gutenberg-Universität Mainz |
Organisationseinheit: | FB 09 Chemie, Pharmazie u. Geowissensch. |
Veröffentlichungsort: | Mainz |
ROR: | https://ror.org/023b0x485 |
DOI: | http://doi.org/10.25358/openscience-10163 |
Version: | Published version |
Publikationstyp: | Zeitschriftenaufsatz |
Weitere Angaben zur Dokumentart: | Scientific article |
Nutzungsrechte: | CC BY |
Informationen zu den Nutzungsrechten: | https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/ |
Zeitschrift: | Archiv der Pharmazie 356 4 |
Seitenzahl oder Artikelnummer: | 2200518 |
Verlag: | Wiley |
Verlagsort: | Weinheim |
Erscheinungsdatum: | 2022 |
ISSN: | 1521-4184 |
DOI der Originalveröffentlichung: | 10.1002/ardp.202200518 |
Enthalten in den Sammlungen: | DFG-491381577-H |
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