Please use this identifier to cite or link to this item: http://doi.org/10.25358/openscience-3026
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dc.contributor.authorBraun, Simon
dc.date.accessioned2019-02-12T13:49:20Z
dc.date.available2019-02-12T14:49:20Z
dc.date.issued2019
dc.identifier.urihttps://openscience.ub.uni-mainz.de/handle/20.500.12030/3028-
dc.description.abstractAlternatives Spleißen stellt einen wichtigen Mechanismus der Genregulation dar, der die Kodierungskapazität des menschlichen Genoms drastisch erhöht. Aus Fehlern dieses Prozesses können verschiedene Krankheiten wie Krebs entstehen. Ermöglicht wird die Kontrolle des alternativen Spleißens durch die Rekrutierung transaktiver RNA bindender Proteine an cis-regulatorische Elemente. Obwohl zahlreiche dieser Interaktionen bereits im Detail beschrieben sind, ist der regulatorische Code, der der Spleiß-Entscheidung zu Grunde liegt, vielfach nicht verstanden. Hier wurde ein Hochdurchsatz-Zufallsmutagenese-Screening entwickelt, das die für einen Krebs-relevanten Spleißvorgang im Protoonkogen RON entscheidenden Mutation und RNA bindenden Proteine umfassend charakterisiert. Insgesamt wurden mehr als 700 Mutationen identifiziert, die die Regulation des alternativen Exons signifikant beeinflussen. Es wurde darüber hinaus gezeigt, dass die mit Hilfe des Screenings quantifizierten Mutationseffekte mit alternativem Spleißen von RON in Krebspatienten korrelieren. Zudem wurden zahlreiche transaktive Regulatoren enthüllt und das heterogene nukleäre Ribonucleoprotein H (HNRNPH) als extensiver Regulator des RON Spleißens in Zelllinien und Krebs identifiziert. Mittels iCLIP und Synergieanalyse zwischen Mutationen und HNRNPH Knock-down wurden die funktionell wichtigsten HNRNPH-Bindestellen in RON lokalisiert. Schließlich wurde aufgezeigt, dass kooperative HNRNPH-Bindung ein Umschalten des Spleißens von RON Exon 11 reguliert. Diese Ergebnisse demonstrieren, dass Spleiß-Regulation durch nahezu jedes Nukleotid innerhalb des alternativen Exons vermittelt wird. Darüber hinaus weist die große Zahl an transaktiven Regulatoren darauf hin, dass ein komplexes Spleiß-Netzwerk an der Kontrolle des RON Spleißens beteiligt ist.de_DE
dc.description.abstractAlternative splicing is an important regulatory mechanism of gene expression that dramatically increases the coding capacity of the human genome. Various diseases including cancer can arise from defects in this process. Control of alternative splicing is realized by cis-regulatory elements, which recruit trans-acting RNA-binding proteins. Although several of those interactions are already described in detail, the regulatory code that underlies specific splicing decisions is frequently not understood. Here, a high-throughput random mutagenesis screen was established that comprehensively characterized determinants of a cancer-relevant splicing event in the proto-oncogene RON. In total, more than 700 mutations were found to significantly affect the regulation of the alternative exon. It was moreover shown that mutation effects quantified from the screening correlate with RON alternative splicing in cancer patients. In addition, numerous trans-acting regulators were revealed and the heterogeneous nuclear ribonucleoprotein H (HNRNPH) was identified as an extensive regulator of RON splicing in cell lines and in cancer. iCLIP and analysis of synergy between mutations and HNRNPH knockdown allowed localization of the functionally most relevant HNRNPH binding sites across RON. Finally, cooperative HNRNPH binding was shown to mediate a splicing switch of RON exon 11. These results demonstrate that splicing regulation is conferred by nearly every nucleotide within the alternative exon. Furthermore, the large number of trans-acting regulators point to a complex splicing regulatory network involved in the control of RON splicing.en_GB
dc.language.isoeng
dc.rightsInCopyrightde_DE
dc.rights.urihttps://rightsstatements.org/vocab/InC/1.0/
dc.subject.ddc570 Biowissenschaftende_DE
dc.subject.ddc570 Life sciencesen_GB
dc.titleDecoding a cancer-relevant splicing decision in the RON proto-oncogene using high-throughput mutagenesisen_GB
dc.typeDissertationde_DE
dc.identifier.urnurn:nbn:de:hebis:77-diss-1000026270
dc.identifier.doihttp://doi.org/10.25358/openscience-3026-
jgu.type.dinitypedoctoralThesis
jgu.type.versionOriginal worken_GB
jgu.type.resourceText
jgu.description.extentix, 125 Blätter
jgu.organisation.departmentFB 10 Biologie-
jgu.organisation.year2019
jgu.organisation.number7970-
jgu.organisation.nameJohannes Gutenberg-Universität Mainz-
jgu.rights.accessrightsopenAccess-
jgu.organisation.placeMainz-
jgu.subject.ddccode570
opus.date.accessioned2019-02-12T13:49:20Z
opus.date.modified2019-02-19T10:42:51Z
opus.date.available2019-02-12T14:49:20
opus.subject.dfgcode00-000
opus.organisation.stringFB 10: Biologie: Institut für Genetikde_DE
opus.identifier.opusid100002627
opus.institute.number1005
opus.metadataonlyfalse
opus.type.contenttypeDissertationde_DE
opus.type.contenttypeDissertationen_GB
jgu.organisation.rorhttps://ror.org/023b0x485
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